L'établissement public interdépartemental d'incendie et de secours est administré par un conseil d'administration composé des présidents des conseils d'administration des services d'incendie et de secours qui le constituent et de représentants, élus en leur sein, de chacun des conseils d'administration des services d'incendie et de secours qui le constituent.
Le président du conseil d'administration de l'établissement public interdépartemental d'incendie et de secours est élu par le conseil d'administration parmi les présidents de conseil d'administration des services d'incendie et de secours qui le constituent pour la durée de son mandat d'administrateur du service d'incendie et de secours.
Le représentant de l'Etat dans le département du siège de l'établissement public interdépartemental assiste de plein droit aux séances du conseil d'administration. Si une délibération paraît de nature à affecter la bonne organisation de la sécurité civile, le représentant de l'Etat peut demander une nouvelle délibération.