Le directeur général de l'Ecole nationale supérieure de techniques avancées est assisté par un directeur adjoint, qui le seconde et le supplée. Le directeur adjoint est nommé par arrêté du ministre de la défense, sur proposition du directeur général.
Le directeur général est également assisté par un directeur général des services et par un directeur de la formation et de la recherche.
Le directeur général des services est nommé par arrêté du ministre de la défense sur proposition du directeur général. Le directeur de la formation et de la recherche est nommé par le directeur général, après avis du conseil d'administration.
Le directeur général peut déléguer sa signature aux personnels placés sous son autorité, dans la limite de leurs attributions.