Le conseil de gestion est composé de :
1° Six représentants de l'Etat et de ses établissements publics :
a) Le directeur de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt ;
b) Le directeur de la mer sud de l'océan Indien ;
c) Le directeur de l'environnement, de l'aménagement et du logement ;
d) Le commandant de zone maritime sud de l'océan Indien ;
e) Le représentant local du directeur du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres ;
f) Le représentant du Centre universitaire de formation et de recherche de Mayotte ;
2° Neuf représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements, ou d'organismes à compétence territoriale :
a) Trois représentants du conseil départemental de Mayotte ;
b) Trois représentants de communes impliquées dans le parc naturel marin ;
c) Un représentant des organismes compétents dans le domaine de l'eau et l'assainissement ;
d) Un représentant du conseil économique, social et environnemental local ;
e) Un représentant du conseil de la culture, de l'environnement et de l'éducation de Mayotte ;
3° Treize représentants des organisations professionnelles :
a) Deux représentants des pêcheurs ;
b) Un représentant local de la pêche hauturière ;
c) Deux représentants locaux d'associations de pêcheurs ;
d) Un représentant local de l'aquaculture ;
e) Un représentant de syndicats locaux de la pêche professionnelle ;
f) Un représentant de structures coopératives locales de pêche ;
g) Un représentant de la chambre de commerce et d'industrie locale ;
h) Un représentant de l'Union maritime locale ;
i) Un représentant local des opérateurs nautiques ;
j) Un représentant local de structures compétentes en matière de tourisme ;
k) Un représentant local de structures compétentes en matière de plongée sous-marine ;
4° Six représentants des associations d'usagers :
a) Un représentant local des pêcheurs en pirogue ;
b) Un représentant local des plaisanciers ;
c) Un représentant local des apnéistes ;
d) Un représentant local des pêcheurs à pied ;
e) Un représentant local des pêcheuses au djarifa ;
f) Un représentant d'une organisation locale de sports nautiques ;
5° Cinq représentants locaux d'associations ou de fédérations de protection de l'environnement ;
6° Six personnalités qualifiées :
a) Un expert dans le domaine de l'halieutique ;
b) Un expert dans le domaine de la biodiversité récifale et des écosystèmes associés ;
c) Un expert dans le domaine des mammifères marins ;
d) Un expert dans le domaine des sciences humaines et sociales ;
e) Un expert dans le domaine de la qualité de l'eau et de l'assainissement ;
f) Un expert dans le domaine de la formation maritime ;
7° Un représentant de l'organisme chargé de la gestion de la réserve naturelle nationale de l'archipel des Glorieuses.