Le secrétariat général de la direction générale de l'aviation civile comprend :
- la sous-direction des compétences et des ressources humaines ;
- la sous-direction des affaires financières et du contrôle de gestion ;
- la sous-direction des affaires juridiques.
Par ailleurs, sont rattachés au secrétaire général de la direction générale de l'aviation civile en tant que services à compétence nationale :
-la direction du numérique de la direction générale de l'aviation civile ;
-le service national d'ingénierie aéroportuaire ;
-le service de gestion des taxes aéroportuaires.
L'Ecole nationale de l'aviation civile, établissement public, est placée sous la tutelle du secrétaire général de la direction générale de l'aviation civile.