Des contrôles vétérinaires exécutés par les agents habilités à cet effet peuvent être appliqués aux animaux vivants, aux produits d'origine animale, aux sous-produits animaux et aux produits dérivés de ces derniers, aux aliments pour animaux, aux micro-organismes pathogènes pour les animaux et aux produits susceptibles de les véhiculer, introduits sur le territoire métropolitain ou en Guadeloupe, en Guyane, à la Martinique, à La Réunion, à Saint-Barthélemy ou à Saint-Martin et ayant le statut de marchandises provenant de l'Union européenne, dès lors qu'ils sont effectués à destination dans les conditions fixées par le droit de l'Union européenne ou, dans les cas où celui-ci l'autorise, par le ministre chargé de l'agriculture.
En cas de méconnaissance grave ou répétée des dispositions de l'article L. 236-1 commise par une entreprise expéditrice ou destinataire ou toute autre personne qui participe à l'opération d'échange, les contrôles peuvent comporter la mise en quarantaine des animaux vivants ou la consignation des produits d'origine animale, des sous-produits animaux et des produits dérivés de ces derniers, des aliments pour animaux, des micro-organismes pathogènes pour les animaux ou des produits susceptibles de les véhiculer, dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.