Toutefois, dans ce délai de deux mois, l'autorité administrative compétente de l'Etat notifie par lettre motivée à l'établissement public prévu à l'article L. 143-16 les modifications qu'il estime nécessaire d'apporter au schéma lorsque les dispositions de celui-ci :
1° Ne sont pas compatibles avec les prescriptions particulières prévues à l'article L. 122-26 et, en l'absence de celles-ci, avec les dispositions particulières aux zones de montagne et au littoral mentionnées à l'article L. 131-1 ;
2° Compromettent gravement les principes énoncés à l'article L. 101-2, sont contraires à un projet d'intérêt général, autorisent une consommation excessive de l'espace, notamment en ne prévoyant pas la densification des secteurs desservis par les transports ou les équipements collectifs, ou ne prennent pas suffisamment en compte les enjeux relatifs à la préservation ou à la remise en bon état des continuités écologiques.
Le schéma ne devient exécutoire qu'après que les modifications demandées et la délibération qui les approuve ont été publiées dans les conditions prévues au 1° du I ou au II de l'article L. 143-24 et transmises à l'autorité administrative compétente de l'Etat.