Le secrétariat du Conseil d'orientation des politiques de jeunesse est assuré par un secrétaire général et une équipe placés auprès du délégué interministériel à la jeunesse, directeur de la jeunesse, de l'éducation populaire et de la vie associative. Conformément aux orientations définies par le président, il est chargé de l'organisation des activités du conseil et de la conduite de ses travaux.
L'Institut national de la jeunesse et de l'éducation populaire, service à compétence nationale rattaché au directeur de la jeunesse, de l'éducation populaire et de la vie associative, concourt par ses travaux à éclairer le conseil sur toute question de sa compétence.