Les militaires de la marine nationale faisant l'objet d'une inaptitude définitive peuvent demander à servir par dérogation aux normes médicales d'aptitudes selon les modalités prévues par l'arrêté du 20 décembre 2012 susvisé ou par les textes spécifiques pour certains emplois ou qualifications liés au parachutisme militaire, à l'aéronautique navale, à la plongée subaquatique et au travail en milieu hyperbare ainsi qu'à la navigation sous-marine.
Après avis du conseil régional de santé, du conseil supérieur de santé des armées, de la commission médicale de l'aéronautique de défense ou de la commission médicale supérieur du personnel plongeur des armées, le directeur du personnel militaire de la marine (DPMM) peut accorder une autorisation à servir par dérogation aux normes médicales d'aptitude, soit dans la spécialité d'origine du marin, soit dans une autre spécialité ou un autre emploi dans le cadre d'une réorientation. Celle-ci doit être renouvelée avant chaque mutation sans conduire à une nouvelle étude du dossier d'aptitude du militaire par la même instance, à condition que le contexte d'emploi de la future affectation soit le même, qu'il n'y ait eu aucune modification de l'état de santé du militaire ou que la durée de validation proposée par cette dernière ne soit pas dépassée.