La direction centrale de la police aux frontières comprend :
― l'état-major ;
― la sous-direction de l'immigration et de l'éloignement ;
― la sous-direction des ressources ;
― la sous-direction des frontières ;
― le département de la stratégie, de l'audit et des risques.
Sont également placés sous l'autorité du directeur central :
― le service national de la police ferroviaire, service à compétence nationale ;
― l'unité de coordination de la sécurité des transports en commun du ministère de l'intérieur ;
― le coordonnateur national des centres de coopération policière et douanière.