La conférence des directeurs de composante, présidée par le président de Nantes Université ou le vice-président qui le représente, est composée des directeurs des unités de formation et de recherche, instituts et écoles, et, le cas échéant, des autres composantes créées par délibération du conseil d'administration de Nantes Université, et des membres du directoire. Ses membres peuvent se faire représenter par leurs adjoints, enseignants-chercheurs ou enseignants.

Les directeurs de structures de recherche et les secrétaires généraux de composantes ou de pôles peuvent être invités à tout ou partie de la conférence en fonction de l'ordre du jour.

Les vice-présidents, le directeur général des services, le directeur de cabinet du président, les directeurs généraux adjoints et l'agent comptable assistent de plein droit aux réunions de la conférence.

Le directeur du centre universitaire départemental de La Roche-sur-Yon est invité permanent aux réunions.

Le président peut inviter toute autre personne lorsque l'ordre du jour le justifie.

Au moins deux fois par an, une réunion de la conférence des directeurs de composante est organisée pour débattre des grands enjeux stratégiques de l'établissement.