La redevance sur les déchets prévue pour les navires de pêche par le 2° de l'article R. 5321-1 est régie par l'article R. 5321-38 ainsi que le I et le 2° du III de l'article R. 5321-39.
Afin d'éviter que les coûts de collecte et de traitement des déchets pêchés passivement ne soient supportés exclusivement par les utilisateurs des ports, le montant de la redevance tient compte, le cas échéant, des recettes provenant de financements européens, nationaux ou régionaux, tels que définis dans l'arrêté prévu au I de l'article R. 5321-38.