Les aides sont soit versées directement à leur bénéficiaire par l'Agence de services et de paiement, soit avancées à leur bénéficiaire par les vendeurs ou loueurs de véhicules mentionnés aux articles D. 251-1, D. 251-1-1 et D. 251-3, les professionnels ayant procédé à la transformation mentionnée à l'article D. 251-3-1, les organismes distribuant les prêts définis à l'article R. 518-61 du code monétaire et financier et liés à cette agence par la convention mentionnée à l'article D. 251-11.
Dans ce dernier cas, les aides s'imputent en totalité sur le montant, toutes taxes comprises, du véhicule mentionné sur la facture d'acquisition ou de location, après toute remise, rabais, déduction ou avantage consenti par le vendeur. Pour une location d'une durée supérieure ou égale à deux ans, les aides sont versées au locataire au plus tard au terme de la première échéance prévue par le contrat de location et à hauteur du montant expressément mentionné au contrat de location.
Les aides apparaissent distinctement sur la facture, la quittance ou le contrat de location assorties de la mention : " Bonus écologique-Aide à l'acquisition et à la location de véhicules peu polluants ".