L'agrément en qualité de conservatoire botanique national est délivré, pour une durée de dix ans renouvelable, par le ministre chargé de la protection de la nature, après avis du Conseil national de la protection de la nature.
Lorsque l'activité ou le fonctionnement d'un conservatoire botanique national n'est pas conforme aux missions d'intérêt général énumérées à l'article R. 416-1 ou au cahier des charges, le ministre chargé de la protection de la nature peut, après une mise en demeure de s'y conformer restée sans effet au-delà du délai imparti, retirer l'agrément. Il recueille, au préalable, l'avis du Conseil national de la protection de la nature et entend le responsable de l'établissement.