Les modalités d'agrément sont fixées par arrêté du ministre chargé de la protection de la nature. Cet arrêté fixe un cahier des charges devant être respecté par le conservatoire botanique national. En particulier, ce cahier de charges explicite les compétences scientifiques et techniques des personnels du conservatoire botanique national, les modalités de diffusion des données et les référentiels techniques nécessaires à la conduite des missions d'intérêt général énumérées à l'article R. 416-1.