Le Centre des monuments nationaux est dirigé par un président, nommé par décret sur proposition du ministre chargé de la culture pour une durée de cinq ans renouvelable deux fois par période de trois ans. Il est administré par un conseil d'administration présidé par le président de l'établissement.
Le conseil d'administration comprend, outre son président :
1° Un membre du Conseil d'Etat, désigné par le vice-président du Conseil d'Etat ;
2° Un membre de la Cour des comptes, désigné par le Premier président de la Cour des comptes ;
3° Un représentant du ministre chargé du tourisme ;
4° Deux représentants du ministère chargé du budget :
a) Le directeur du budget ou son représentant ;
b) Le directeur général des finances publiques ou son représentant ;
5° Deux représentants du ministère chargé de la culture :
a) Le directeur général des patrimoines et de l'architecture ou son représentant ;
b) Le secrétaire général ou son représentant ;
6° Cinq personnalités qualifiées, dont deux élus locaux, choisies en raison de leur compétence dans le domaine d'activité de l'établissement, désignées par le ministre chargé de la culture ;
7° Trois représentants du personnel élus selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé de la culture.