Le secrétariat général de la direction générale de l'aviation civile comprend :
La sous-direction des compétences et des ressources humaines.
La sous-direction des affaires financières et du contrôle de gestion.
La sous-direction des affaires juridiques.
L'Ecole nationale de l'aviation civile, établissement public, est placée sous la tutelle du secrétaire général de la direction générale de l'aviation civile.