Ce collège est composé d'un membre du Conseil d'Etat proposé par le vice-président du Conseil d'Etat, président du collège, et de trois inspecteurs généraux de l'éducation, du sport et de la recherche.
Les membres de ce collège sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'éducation nationale, de la jeunesse et des sports pour une durée de trois ans, renouvelable une fois. Il ne peut être mis fin à leur mandat qu'avec leur accord exprès.
Le secrétariat du collège de déontologie est assuré par la direction générale des ressources humaines.