Le directeur de l'IREL, assisté d'un bureau dont il choisit les membres, met en oeuvre les délibérations du conseil de direction, prépare le budget, l'exécute, assure la gestion ordinaire de l'IREL et soumet le règlement intérieur de celui-ci à l'approbation du conseil de direction. Il présente annuellement au conseil d'administration et au conseil scientifique de l'Ecole pratique des hautes études un rapport sur les activités et le budget de l'IREL.
Les attributions du directeur adjoint sont définies par le règlement intérieur de l'IREL.