L'établissement est administré par un conseil d'administration composé de six représentants de l'Etat, dix représentants des collectivités territoriales, dont au moins un représentant de la région Basse-Normandie et au moins un représentant du département de l'Orne, et deux représentants du personnel.

Il élit son président en son sein.

Le directeur de l'établissement est nommé par le président du conseil d'administration, sur proposition du ministre chargé de l'agriculture et après avis du conseil d'administration.