Le système de vote électronique par internet comporte les mesures physiques et logiques permettant d'assurer la confidentialité des données transmises, notamment la confidentialité des fichiers constitués pour établir la liste électorale, ainsi que la sécurité de l'adressage des moyens d'authentification, de l'émargement, de l'enregistrement et du dépouillement des votes.
Ces obligations de confidentialité et de sécurité s'imposent à l'ensemble des personnes intervenant sur le système de vote électronique par internet, notamment aux agents du centre national des œuvres universitaires et scolaires chargés de la gestion et de la maintenance du système de vote et à ceux du prestataire, si ces opérations lui ont été confiées.
Les fonctions de sécurité de ces systèmes doivent être conformes au référentiel général de sécurité prévu à l'article 9 de l'ordonnance du 8 décembre 2005 susvisée.
Les données relatives aux électeurs inscrits sur la liste électorale ainsi que les données relatives aux votes font l'objet de traitements informatiques distincts, dédiés et isolés, respectivement dénommés « fichier des électeurs » et « contenu de l'urne électronique ».
Le système de vote électronique par internet comporte un dispositif de secours offrant les mêmes garanties et les mêmes caractéristiques que le système principal et capable d'en prendre automatiquement le relais en cas de panne n'entraînant pas d'altération des données.
Il comporte également un dispositif qui procède à des tests automatiques de manière aléatoire pendant toute la durée du scrutin.