Le conseil d'administration est présidé par le président de la métropole de Lyon ou par un élu qu'il désigne parmi les membres du conseil d'administration. Le président dirige l'établissement et rend compte de sa gestion au conseil d'administration. Il nomme le directeur général.
Des vice-présidents sont élus par le conseil parmi ses membres. En cas d'absence ou d'empêchement du président, le conseil est présidé par le vice-président qu'il désigne.
En cas de renouvellement du conseil de la métropole de Lyon, le président reste en fonction jusqu'à l'élection du nouveau président de la métropole de Lyon.