Le contrôle de l'opération de valorisation a lieu au moins une fois tous les trois ans, après la date du premier contrôle qui a lieu la première année de mise en œuvre de la procédure de sortie du statut de déchet. Toutefois, cette périodicité est portée à dix ans pour les personnes morales dont le système de “ management environnemental ” pour un domaine d'application incluant l'établissement a été certifié conforme à la norme internationale ISO 14001 par un organisme de certification accrédité par le Comité français d'accréditation (COFRAC) ou par tout autre organisme d'accréditation signataire de l'accord de reconnaissance multilatéral établi par la coordination européenne des organismes d'accréditation (“ European Cooperation for Accreditation ” ou “ EA ”), ainsi que pour les installations exploitées par une organisation bénéficiant d'un enregistrement en application du règlement (CE) n° 1221/2009 du 25 novembre 2009 concernant la participation volontaire des organisations à un système communautaire de management environnemental et d'audit (“ EMAS ”), sous réserve que la déclaration environnementale établie par cette personne en application de ce règlement couvre la conformité à la réglementation.
L'administration peut faire diligenter des contrôles supplémentaires par les services de l'Etat ou par tout autre organisme mandaté par l'Etat aux frais de la personne réalisant l'opération de valorisation.