L'organisation des entreprises assujetties adoptée en application de l'article 12 est conçue de manière à assurer une stricte indépendance entre, d'une part, les unités chargées de l'engagement des opérations et, d'autre part, les unités chargées de leur validation, notamment comptable, de leur règlement ainsi que du suivi des diligences liées aux missions de la fonction de gestion des risques.
Les agents exerçant des contrôles de deuxième niveau sont indépendants des unités qu'ils contrôlent.
Cette indépendance est assurée par un rattachement hiérarchique différent de ces unités et de ces agents jusqu'à un niveau suffisamment élevé ou par une organisation qui garantit une séparation claire des fonctions ou encore par des procédures, éventuellement informatiques, conçues dans ce but et dont l'entreprise est en mesure de justifier l'adéquation.