La session d'approfondissement d'une durée d'au moins six jours effectifs a pour but de compléter la formation du futur animateur et de faire un bilan de la session de formation générale et du stage pratique.
La session de qualification d'une durée d'au moins huit jours effectifs permet au stagiaire de compléter sa formation dans les mêmes conditions que celles prévues pour la session d'approfondissement et d'acquérir en outre des compétences dans un domaine spécialisé.
Les titulaires du BAFA ayant suivi avec succès une session de qualification disposent de prérogatives spécifiques dans l'encadrement des activités concernées. Chaque type de session de qualification est créé par arrêté du ministre chargé de la jeunesse précisant la nature, les objectifs et les contenus de formation.
La session d'approfondissement et la session de qualification se déroulent en continu ou en discontinu, en deux parties au plus, sur une période n'excédant pas un mois.
Sur demande motivée de l'organisme de formation, le recteur de région académique du lieu de la session ou, en Guyane et à Saint-Pierre-et-Miquelon, le préfet peut déroger aux dispositions de l'alinéa précédent dans les conditions qu'il fixe sans toutefois que cette session puisse se dérouler en plus de trois parties, lorsqu'il s'agit d'une session d'approfondissement, ou en plus de quatre parties, lorsqu'il s'agit d'une session de qualification, sur une période n'excédant pas deux mois.