Dans le cadre de la politique définie par le Gouvernement notamment de lutte contre le changement climatique et d'adaptation aux conséquences de ce changement, l'agence a pour mission de susciter, animer, coordonner, faciliter et, le cas échéant, réaliser toutes opérations ayant pour objet :
1° La prévention et la lutte contre la pollution de l'air ;
2° La limitation de la production de déchets, leur élimination, leur récupération et leur valorisation, et la protection des sols et la remise en état des sites pollués ;
3° Le réaménagement et la surveillance d'une installation de stockage de déchets ultimes, autorisée après le 14 juillet 1992, lorsque ces opérations sont rendues nécessaires du fait d'une défaillance ou d'une insuffisance de garantie de l'exploitant ;
4° La réalisation d'économies d'énergie et de matières premières et le développement des énergies renouvelables, notamment d'origine végétale ;
5° Le développement des technologies propres et économes ;
6° La lutte contre les nuisances sonores ;
7° La lutte contre le réchauffement climatique et l'adaptation au changement climatique ;
8° Le suivi et l'observation des filières à responsabilité élargie du producteur.