Les membres du Conseil national du numérique autres que les parlementaires sont nommés par arrêté du Premier ministre, sur proposition du ministre chargé du numérique, pour une durée de deux ans. Ce mandat est renouvelable. Ils exercent ces fonctions à titre bénévole.
La présidence du Conseil national du numérique est assurée par deux co-présidents nommés parmi ses membres par arrêté du Premier ministre, sur proposition du ministre chargé du numérique, pour un mandat de deux ans, renouvelable une fois.
En cas d'empêchement d'un des deux co-présidents ou de vacance, la présidence du Conseil national du numérique est assurée par l'autre co-président.