Le Conseil national du numérique se réunit en tant que de besoin et au moins une fois par an, sur convocation des co-présidents.
Les membres du conseil ne peuvent pas se faire représenter. Est déclaré démissionnaire d'office par les co-présidents, sur le rapport du secrétaire du conseil, tout membre autre que parlementaire qui n'a pas participé à deux séances consécutives du conseil.
Les membres du conseil sont tenus à une obligation de réserve et de confidentialité sur les débats auxquels ils participent et sur les informations auxquelles ils ont accès dans ce cadre.
Le conseil adopte son règlement intérieur sur proposition des co-présidents. Il peut prévoir la création et les modalités de fonctionnement de groupes de travail.
Le conseil peut conduire des auditions de toutes personnalités qualifiées sur les sujets portés à son examen.