Le directeur élabore et met en œuvre la politique scientifique de l'école ainsi que, pour la Casa de Velázquez, la politique artistique. Il exerce les attributions confiées au président d'université par l'article L. 712-2 du code de l'éducation et les textes pris pour son application, à l'exception de la présidence du conseil d'administration.
Il présente chaque année aux conseils de l'école un rapport sur les activités de l'établissement.
Il assiste aux séances du conseil d'administration avec voix consultative. Il siège avec voix délibérative au conseil scientifique et, pour la Casa de Velázquez, au conseil artistique.
Il peut déléguer sa signature à tout agent permanent de catégorie A ou équivalent placé sous son autorité.
Il peut recruter des personnels, par contrats de droit privé, conformément à la législation et à la réglementation des pays d'implantation de l'école.