Le comité d'histoire définit ses modalités de fonctionnement sur la proposition de son président. Il se réunit au moins une fois par an en formation plénière, sur convocation de son président. Il adopte son programme de travail sur proposition de ses membres.
Le comité d'histoire peut désigner en son sein des commissions ou groupes de travail pour étudier des questions particulières. Il peut auditionner et associer toute personne en raison de sa compétence ou de sa fonction dans le cadre de ses travaux.
Le comité d'histoire peut proposer au ministre de conclure des conventions de partenariat avec tout organisme public ou privé dont les objets de recherche et d'étude entrent dans le champ de compétence du comité.
Le comité d'histoire élabore un rapport annuel, qui est, par ailleurs, annexé au rapport d'activité de l' inspection générale de l'éducation, du sport et de la recherche.