La lettre de mission pluriannuelle est établie par le supérieur hiérarchique direct tel que défini à l'article 4, après un entretien avec chaque inspecteur et validation par le recteur ou le chef de service. Elle définit des objectifs pour l'inspecteur et prévoit les activités et responsabilités qui lui sont confiées.
En académie, cette lettre de mission individuelle se fonde sur le programme de travail des inspecteurs défini par le recteur d'académie et une note de l'intéressé sur ses activités.