Le secrétariat du comité est assuré par la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle.
Le comité bénéficie pour l'exercice de ses missions de l'appui des administrations du ministère chargé de l'enseignement supérieur. Il peut solliciter auprès du ministre chargé de l'enseignement supérieur l'expertise de l' inspection générale de l'éducation, du sport et de la recherche.