La direction des affaires financières comprend :
― la sous-direction du budget des missions “ enseignement scolaire ” et “ sport, jeunesse et vie associative ” ;
― la sous-direction du budget de la mission "recherche et enseignement supérieur" ;
― la sous-direction de l'expertise statutaire, de la masse salariale, des emplois et des rémunérations ;
― la sous-direction de l'enseignement privé ;
― le service des retraites de l'éducation nationale.