Sous l'autorité du haut fonctionnaire de défense et de sécurité, le service de défense et de sécurité coordonne et met en œuvre la politique des ministères chargés de l'éducation nationale, de la jeunesse, des sports, de la vie associative,de l'enseignement supérieur et de la recherche en matière de défense, de sécurité, de vigilance, de prévention de crise et de réponse aux situations d'urgence, en lien étroit avec l'ensemble des services de l'administration centrale, des services déconcentrés et des opérateurs et en liaison avec le secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale.
Il est chargé, outre de la définition et du suivi de la mise en œuvre de la doctrine ministérielle de gestion de crise, de la protection de la souveraineté de l'Etat et notamment de la protection du secret de la défense nationale. Il veille à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation en liaison avec la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle et la direction générale de la recherche et de l'innovation. Il s'assure de l'élaboration et de la mise en œuvre des politiques de sécurité pour les opérateurs reconnus d'importance vitale en particulier dans le domaine de l'espace.
Il coordonne les actions relatives à la sécurité et à la défense des valeurs de la République à l'école, en lien avec la direction générale de l'enseignement scolaire, la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle, la direction des sports et la direction de la jeunesse, de l'éducation populaire et de la vie associative.
Il participe à la mise en œuvre de la politique nationale en matière d'intelligence économique et de cybersécurité.