Les comptes du Conseil économique, social et environnemental sont tenus par le trésorier, qui n'est pas soumis aux dispositions applicables aux comptables publics telles que définies aux articles 9, 13 à 17 et 19 à 21 du décret du 7 novembre 2012 susvisé mais assume les missions prévues à l'article 18 du même décret, à l'exception des poursuites en vue du recouvrement de créances. Ces dernières sont diligentées à la demande du Premier ministre ou de son délégataire.
Les disponibilités du Conseil économique, social et environnemental sont déposées au Trésor dans les conditions définies aux articles 46, 47 et 197 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Toutefois, le trésorier est autorisé à ouvrir un compte bancaire en vue de l'exécution d'opérations relevant des sections prévues aux 2° et 3° de l'article 4.