Le conseil d'administration de l'établissement comprend, outre son président, dix-sept membres :
1° Six représentants de l'Etat :
a) Le secrétaire général du ministère chargé de la culture ou son représentant ;
b) Le directeur général des patrimoines et de l'architecture ou son représentant ;
c) Le responsable du service des musées de France ou son représentant ;
d) Le directeur du budget ou son représentant ;
e) Le préfet de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur, préfet des Bouches-du-Rhône ou son représentant ;
f) Le recteur de l'académie d'Aix-Marseille ou son représentant ;
2° Trois représentants des collectivités territoriales :
a) Le maire de Marseille ou son représentant ;
b) Le président du conseil départemental des Bouches-du-Rhône ou son représentant ;
c) Le président du conseil régional Provence-Alpes-Côte d'Azur ou son représentant ;
3° Six personnalités françaises ou étrangères désignées en raison de leurs compétences par arrêté du ministre chargé de la culture, dont une sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
4° Deux représentants du personnel ainsi que deux suppléants, élus dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la culture, dont un représentant du personnel scientifique.