L'établissement est administré par un conseil d'administration, qui comprend vingt-cinq membres :
1° Neuf représentants de l'Etat :
a) Le directeur général des patrimoines et de l'architecture ou son représentant ;
b) Le directeur général de l'aménagement, du logement et de la nature ou son représentant ;
c) Le directeur général de la mondialisation, de la culture, de l'enseignement et du développement international ou son représentant ;
d) Le directeur du budget ou son représentant ;
e) Le directeur général des collectivités locales ou son représentant ;
f) Le directeur général des entreprises ou son représentant ;
g) Le préfet de la région Normandie ou son représentant ;
h) Le préfet du département de la Manche ou son représentant ;
i) Le préfet du département d'Ille-et-Vilaine ou son représentant ;
2° Le président du Centre des monuments nationaux ou son représentant ;
3° Le directeur du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres ou son représentant ;
4° Le président du conseil d'administration du groupement d'intérêt économique « Atout France » ou son représentant ;
5° Neuf représentants des collectivités territoriales :
a) Le président du conseil régional de Normandie ou son représentant ;
b) Le président du conseil régional de Bretagne ou son représentant ;
c) Le président du conseil départemental de la Manche ou son représentant ;
d) Le maire du Mont-Saint-Michel ou son représentant ;
e) Le maire de Pontorson ou son représentant ;
f) Le maire de Beauvoir ou son représentant ;
g) Le président de la communauté d'agglomération d'Avranches ou son représentant ;
h) Le président de la communauté d'agglomération de Saint-Malo ou son représentant ;
i) Le président de la communauté d'agglomération du Pays de Dol et de la Baie du Mont-Saint-Michel ou son représentant ;
6° Deux personnalités qualifiées nommées par décret sur proposition du ministre chargé de la culture pour un mandat de cinq ans, à raison de leur compétence dans les domaines d'activité de l'établissement :
a) Un opérateur privé exerçant sur le site ;
b) Une personnalité du secteur économique du tourisme ou de la culture ;
7° Deux représentants du personnel de l'établissement, élus pour une durée de cinq ans dans les conditions prévues par les dispositions du chapitre II du titre II de la loi du 26 juillet 1983 susvisée. Des suppléants sont désignés dans les mêmes conditions que les titulaires, afin de remplacer ces derniers en cas d'empêchement.