La scolarité est organisée en modules.
Certains modules peuvent être élaborés en partenariat avec d'autres organismes civils ou militaires. Dans ce cas, les formations dispensées font l'objet de conventions entre les organismes de formation concernés et le service de l'énergie opérationnelle.
Les élèves officiers logisticiens des essences qui ont déjà validé le module 1 « formation militaire » au cours d'un cursus antérieur à la scolarité peuvent être dispensés, par le directeur du service de l'énergie opérationnelle, de suivre les enseignements liés à ce module.
Dans ce cas, la note attribuée au module concerné est celle obtenue lors du cursus précédent.