Lorsqu'en application de l'article L. 213-11-15-1 une agence de l'eau a été désignée pour l'établissement du titre de recette et le recouvrement d'une redevance, son directeur a qualité d'ordonnateur pour toutes les opérations de liquidation et d'émission du titre de recette de cette redevance, y compris selon la procédure d'office. Il est chargé de l'organisation des contrôles. Il statue sur les réclamations dans les conditions prévues aux articles R. 213-48-40 et R. 213-48-41. Dans les conditions fixées par les articles R. 213-40 et R. 213-43, il engage les actions contentieuses ou assure la défense devant les juridictions.
Pour l'application de l'article 14 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, l'agent comptable de l'agence de l'eau désignée est compétent pour le recouvrement de la redevance dans l'ensemble des circonscriptions des agences de l'eau, dans les conditions et selon les modalités prévues aux articles R. 213-48-42 à R. 213-48-48.
Les demandes de remise gracieuse de la redevance sont présentées à l'agence de l'eau désignée en application de l'article L. 213-11-15-1. Elles sont instruites et font l'objet d'une décision dans les conditions prévues à l'article R. 213-48-45.
Dans le délai fixé par l'article L. 213-11-15-1, l'agence de l'eau désignée reverse, déduction faite des frais d'assiette et de recouvrement, à l'Office français de la biodiversité la fraction de la redevance pour pollutions diffuses lui revenant en application du V de l'article L. 213-10-8 et à chaque agence de l'eau les sommes collectées dans sa circonscription.
Les frais d'assiette et de recouvrement perçus par l'agence de l'eau désignée en application de l'article L. 213-11-15-1 s'élèvent, en pourcentage des sommes encaissées, à 0,1 % pour la redevance pour protection du milieu aquatique, à 1,1 % pour la redevance pour pollutions diffuses et à 2 % pour la redevance pour pollution de l'eau d'origine non domestique liée aux activités d'élevage et la redevance pour stockage d'eau en période d'étiage.
Le directeur de l'agence de l'eau désignée tient à la disposition de chacune des autres agences de l'eau les informations relatives aux contribuables de sa propre circonscription.