Le gestionnaire du registre des garanties d'origine vérifie par sondage l'exactitude des éléments figurant dans les dossiers de demande de garanties d'origine qu'il a reçus. Cette vérification ne peut porter que sur des garanties d'origine émises depuis moins de trois ans.
Le gestionnaire du registre des garanties d'origine vérifie notamment la cohérence entre le nombre de garantie d'origine dont l'émission a été demandée et la production injectée de l'installation correspondante.
Tout contrôle mettant en évidence des demandes de garanties d'origine reposant sur des informations erronées fait l'objet d'un procès-verbal mentionnant la date, le lieu et la nature des constatations effectuées. Le procès-verbal est notifié dans les trente jours qui suivent sa clôture au demandeur de la garantie d'origine, ainsi qu'au préfet de la région où est située l'installation, et au ministre chargé de l'énergie par lettre recommandée avec accusé de réception ou par tout autre moyen établissant la date de la réception.