Tout établissement public de recherche conclut avec l'Etat un contrat pluriannuel qui définit, pour l'ensemble de ses activités, les objectifs de l'établissement ainsi que les engagements réciproques des parties. Le contrat prévoit notamment les objectifs de l'établissement relatifs à ses coopérations avec les établissements publics d'enseignement supérieur et à l'inscription de ses activités dans les sites universitaires.
Les établissements rendent compte de l'exécution de leurs engagements et de l'atteinte des objectifs prévus dans le contrat au moins une fois tous les deux ans.
L'exécution du contrat fait l'objet d'une évaluation. L'Etat tient compte des résultats de l'évaluation pour déterminer les engagements financiers qu'il prend envers l'établissement dans le cadre du contrat pluriannuel.