Le fonctionnement du conseil est régi par les articles R. 133-3 à R. * 133-15 du code des relations entre le public et l'administration, sous réserve des dispositions qui suivent.
Outre les réunions trimestrielles prévues à l'article L. 253-8, le conseil se réunit, sur un ordre du jour déterminé, à une date fixée par le ministre chargé de l'agriculture et le ministre chargé de l'environnement dans un délai qui ne peut être inférieur à quarante-huit heures à compter de la date de convocation.
Les membres du conseil reçoivent, quarante-huit heures au moins avant la date de la réunion, l'ordre du jour et, le cas échéant, les documents nécessaires à l'examen des affaires qui y sont inscrites.
Le conseil délibère valablement sans condition de quorum. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
A l'issue de la réunion du conseil, son avis est réputé rendu.
Les délibérations du conseil peuvent se tenir à distance dans les conditions prévues par l'ordonnance n° 2014-1329 du 6 novembre 2014 relative aux délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial.
La direction générale de l'alimentation assure le secrétariat du conseil. Elle assiste le président du conseil pour préparer les séances du conseil, établir les relevés de décisions, avis et rapports et les transmettre à leurs destinataires.
Les frais de déplacement des membres, des experts ou personnalités invitées à titre exceptionnel à une séance du conseil sont remboursés dans les conditions prévues par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.