La CRPCEN conserve sous scellés, pendant un délai de deux ans et dans les conditions fixées aux articles L. 212-2 et L. 212-3 du code du patrimoine et au 5° de l'article 4 de la loi du 6 janvier 1978 susvisée, les fichiers supports comprenant la copie des programmes sources et des programmes exécutables, les matériels de vote, les fichiers d'émargement, de résultats et de sauvegarde ainsi que les fichiers qui conservent la trace des interventions sur le système. La procédure de décompte des votes doit, si nécessaire, pouvoir être exécutée de nouveau.
Au terme de ce délai de deux ans ou, si une action contentieuse a été engagée, après l'intervention de la décision juridictionnelle définitive, la CRPCEN procède à la destruction des fichiers supports. Seuls sont conservés les listes de candidats avec déclarations de candidature et professions de foi ainsi que les procès-verbaux de l'élection.