L'exercice de la médecine de prévention est sectorisé. Le directeur de la médecine des forces dispose par secteur de médecine de prévention d'un praticien qualifié en médecine du travail, désigné par le directeur central du service de santé des armées et dénommé conseiller expert en médecine de prévention, pour exercer à son profit les fonctions de conseil en ce qui concerne l'exercice de la médecine de prévention mise en œuvre au profit du personnel militaire dans le secteur concerné. Ce conseiller assure également une mission de conseil au profit des médecins des armées et des autorités d'emploi au niveau local.
Le conseiller expert en médecine de prévention exploite et synthétise les rapports annuels de médecine de prévention rédigés par les médecins des armées en charge de l'exercice de la médecine de prévention du personnel militaire de son secteur. Cette synthèse est transmise au directeur de la médecine des forces et au coordonnateur national de la médecine de prévention. Un exemplaire de cette synthèse est adressé à l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées.
Le conseiller expert en médecine de prévention est chargé de mettre en œuvre le développement professionnel continu en médecine de prévention. En application des directives de la direction centrale du service de santé des armées, cette formation est placée sous l'autorité pédagogique de l'école du Val-de-Grâce.