Le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives est autorisé à assurer sa gestion financière et à présenter sa comptabilité suivant les règles et usages du commerce.
Il est soumis à un contrôle financier spécifique dont les règles sont déterminées par décret en Conseil d'Etat.
A l'exception des fonds issus de dons, legs ou libéralités, ses disponibilités sont déposées au Trésor et ne donnent lieu à aucune rémunération
Le commissariat ne peut recourir à des emprunts publics sans l'approbation préalable de l'autorité administrative compétente.
Afin de prendre en charge des activités nécessitant des modalités particulières de gestion, un décret en Conseil d'État peut autoriser le commissariat à créer en son sein des services dotés de l'autonomie administrative et budgétaire, dirigés par un directeur nommé par arrêté des ministres intéressés et placé sous l'autorité de l'administrateur général. Ce décret précise, le cas échéant, les modalités particulières du contrôle de l'État sur les décisions intéressant les services et les activités concernés.