L'Agence nationale pour la rénovation urbaine est soumise en matière de gestion financière et comptable aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales. Elle n'est pas soumise à l'article 64 de la loi n° 2007-1822 du 24 décembre 2007 de finances pour 2008. Un décret précise les modalités spécifiques de contrôle économique et financier de l'agence, qui ne peuvent soumettre ses décisions à l'exigence d'un visa préalable. A l'exception des fonds issus de dons, legs ou libéralités, ses disponibilités sont déposées au Trésor et ne donnent lieu à aucune rémunération