Une aide au fonctionnement peut être versée sous forme de subvention aux entreprises qui souhaitent exploiter des installations produisant de la chaleur à partir de biomasse ou de combustibles solides de récupération et alimentant une industrie manufacturière au sens de la nomenclature d'activités française établie par l'Institut national de la statistique et des études économiques.
Une aide au fonctionnement peut aussi être versée sous forme de subvention à une entreprise qui souhaite poursuivre l'exploitation d'installations produisant de la chaleur à partir de biomasse ou de combustibles solides de récupération et alimentant une industrie manufacturière au sens de la nomenclature d'activités française établie par l'Institut national de la statistique et des études économiques, pour lesquelles l'entreprise est en mesure de démontrer que l'absence d'une telle aide induirait un arrêt d'exploitation au profit d'une production de chaleur issue de combustible fossile.
L'aide peut compenser tout ou partie de l'écart existant, après prise en compte des autres aides dont bénéficie éventuellement le projet, entre les coûts moyens de production d'une unité d'énergie au moyen de la biomasse ou de combustibles solides de récupération et les coûts moyens de production d'une unité d'énergie au moyen de combustibles fossiles qui auraient été utilisés en l'absence d'aide.
Lorsque l'évolution des paramètres déterminant le coût de production d'une unité d'énergie au moyen de combustibles fossiles, par exemple le coût du combustible et des taxes afférentes ou le coût liés aux émissions de gaz à effet de serre pour les entreprises soumises au dispositif du système d'échange de quotas d'émission de l'Union européenne, indique que la production de chaleur issue d'énergie fossile est plus onéreuse que la production d'une unité d'énergie au moyen de combustibles bas carbone, le bénéficiaire de l'aide peut être amené à reverser des fonds à l'Agence de services et de paiement dans les conditions définies dans la convention passée entre l'Agence de services et de paiement et le bénéficiaire.