Le fonds mentionné à l'article L. 723-13-3 est administré par un conseil de gestion et sa direction est assurée par le directeur de la caisse centrale de mutualité sociale agricole. Il comprend également un comité de reconnaissance des maladies professionnelles et une commission d'indemnisation des enfants victimes d'une exposition prénatale aux pesticides.
Le directeur du fonds peut déléguer tout ou partie de sa gestion à une caisse de mutualité sociale agricole. Cette délégation fait l'objet d'une convention conclue par les directeurs des deux organismes, après avis du conseil d'administration de la caisse centrale de mutualité sociale agricole et du conseil d'administration de la caisse concernée.
Lorsque sa gestion n'est pas déléguée à une caisse dans les conditions prévues à l'alinéa précédent, le fonds dispose d'un service médical et d'un service administratif.