Tout producteur ayant opté pour le système individuel élabore un programme d'autocontrôle comprenant les éléments mentionnés à l'article R. 541-144. Il transmet sa proposition pour accord à l'autorité administrative accompagnée de l'avis de l'organisme de contrôle au moins six mois avant la fin de la période de deux ans prévue au premier alinéa du II de l'article L. 541-10. L'accord est réputé acquis en l'absence d'opposition dans un délai d'un mois suivant la réception de la proposition.
Le cahier des charges peut fixer, en tant que de besoin, des éléments d'évaluation complémentaires à ceux prévus à l'article R. 541-144 et une périodicité d'autocontrôle annuelle.