La gestion du fichier national unique est confiée à un organisme ayant une large connaissance du secteur des cycles et répondant aux conditions d'aptitude, d'expérience et de compétences techniques nécessaires à la tenue de manière fiable et sécurisée d'un fichier national d'identification comportant des données à caractère personnel. Il est le responsable de traitement du fichier national unique.
Le ministre chargé des transports désigne cet organisme pour une durée de six années. Cette désignation peut être renouvelée.