Outre les remboursements prévus à l'article R. 411-29, les membres du conseil scientifique régional du patrimoine naturel perçoivent une indemnité d'exercice, liée à leur présence aux séances du conseil et aux missions qu'ils exercent par délégation du conseil.
L'indemnité versée est calculée au prorata de la présence ou de l'activité du membre, dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé de la protection de la nature.
Les personnes invitées à participer aux séances du conseil scientifique régional du patrimoine naturel ne peuvent prétendre à aucune indemnité. Il en est de même des suppléants qui assistent à une séance du conseil si le titulaire y est présent.